临床应用
葛洪在《肘后备急方》里面，记述了一种叫“尸注”的病，说这种病会互相传染，并且千变万化。染上这种病的人闹不清自己到底哪儿不舒服，只觉得怕冷发烧，浑身疲乏，精神恍惚，身体一天天消瘦，时间长了还会丧命。葛洪描述的这种病，就是现在我们所说的结核病。结核菌能使人身上的许多器官致病。肺结核、骨关节结核、脑膜结核、肠和腹膜结核等等，都是结核菌引起的。葛洪是我国最早观察和记载结核病的科学家。
葛洪的《肘后备急方》中还记载了一种叫犬咬人引起的病症。犬就是疯狗。人被疯狗咬了，非常痛苦，病人受不得一点刺激，只要听见一点声音，就会抽搐痉挛，甚至听到倒水的响声也会抽风，所以有人把疯狗病又叫做“恐水病”。在古时候，对这种病没有什么办法治疗。葛洪想到古代有以毒攻毒的办法。例如我国最古的医学著作《黄帝内经》里就说，治病要用“毒”药，没有“毒”性治不了病。葛洪想，疯狗咬人，一定是狗嘴里有毒物，从伤口侵入人体，使人中了毒。能不能用疯狗身上的毒物来治这种病呢?他把疯狗捕来杀死，取出脑子，敷在犬病人的伤口上。果然有的人没有再发病，有人虽然发了病，也比较轻些。(发病轻应该是古人知识不足造成的误解，狂犬病一旦发作死亡率100％，不管轻重都无差异)
葛洪用的方法是有科学道理的，含有免疫的思想萌芽。大家知道，种牛痘可以预防天花，注射脑炎疫苗可以预防脑炎，注射破伤风细菌的毒素可以治疗破伤风。这些方法都是近代免疫学的研究成果。“免疫”就是免于得传染病。细菌和病毒等侵入我们的身体，我们的身体本来有排斥和消灭它们的能力，所以不一定就发病，只有在身体的抵抗力差的时候，细菌和病毒等才能使人发病。免疫的方法就是设法提高人体的抗病能力，使人免于发病。注射预防针，就是一种免疫的方法 (现代免疫学的内容越来越丰富，注射预防针只是其中的一个方面)。葛洪对狂犬病能采取预防措施，可以称得上是免疫学的先驱。欧洲的免疫学是从法国的巴斯德开始的。他用人工的方法使兔子得疯狗病，把病兔的脑髓取出来制成针剂，用来预防和治疗疯狗病，原理与葛洪的基本上相似。巴斯德的工作方法当然比较科学，但是比葛洪晚了1000多年。
在世界医学历史上，葛洪还第一次记载了两种传染病，一种是天花，一种叫恙虫病。葛洪在 《肘后备急方》里写道：有一年发生了一种奇怪的流行病，病人浑身起一个个的疱疮，起初是些小红点，不久就变成白色的脓疱，很容易碰破。如果不好好治疗，疱疮一边长一边溃烂，人还要发高烧，十个有九个治不好，就算侥幸治好了，皮肤上也会留下一个个的小瘢。小瘢初起发黑，一年以后才变得和皮肤一样颜色。葛洪描写的这种奇怪的流行病，正是后来所说的天花。西方的医学家认为最早记载天花的是阿拉伯的医生雷撒斯，其实葛洪生活的时代，比雷撒斯要早500多年。
葛洪把恙虫病叫做“沙虱毒”。现已弄清楚，沙虱毒的病原体是一种比细菌还小的微生物，叫“立克次氏体”。有一种小虫叫沙虱，螫人吸血的时候就把这种病原体注入人的身体内，使人得病发热。沙虱生长在南方，据调查，我国只有广东、福建一带有恙虫病流行，其他地方极为罕见。葛洪是通过艰苦的实践，才得到关于这种病的知识的。原来他酷爱炼丹，在广东的罗浮山里住了很久。这一带的深山草地里就有沙虱。沙虱比小米粒还小，不仔细观察根本发现不了。葛洪不但发现了沙虱，还知道它是传染疾病的媒介。他的记载比美国医生帕姆在1878年的记载，要早1500多年。
后世影响
他一生的主要活动是从事炼丹和医学，既是一位儒道合一的宗教理论家，又是一位从事炼丹和医疗活动的医学家。葛洪敢于「疑古」，反对「贵远贱今」，强调创新，认为「古书虽多，未必尽善」，并在实际的行医、炼丹活动中，坚持贯彻重视实验的思想，这对于他在医学上的贡献是十分重要的。葛洪阅读大量医书，并注重分析与研究，在行医实践中，总结治疗心得并搜集民间医疗经验，以此为基础，完成了百卷著作《玉函方》。由于卷帙浩繁，难于携带检索，便将其中有关临床常见疾病、急病及其治疗等摘要简编而成《肘后救卒方》3卷，使医者便于携带，以应临床急救检索之需，故此书堪称中医史上第一部临床急救手册。
他对以前的神仙思想进行了总结，证明神仙长生的实存性，在道教历史上有极其重要的意义。
他发现了汞的氧化还原反应。他是第一个将狂犬的脑子敷在狂犬病人伤口上来医治狂犬病的人。
宁波灵峰寺有一座葛仙殿，葛仙殿供奉的是葛洪的塑像。东晋咸和二年(327年)，葛洪来到这里炼丹。在他隐居灵峰山的时候，瘟疫流行，葛洪广采草药，制药布施，使众多百姓起死回生。每年阴历正月初一到初十是灵峰寺香火最旺的日子，因为传说中初十是葛仙翁的生日，人们纷纷来到这里纪念这位悬壶济世的仙人。
学术内容
道教
葛洪继承并改造了早期道教的神仙理论，在《抱朴子内篇》中，他不仅全面总结了晋以前的神仙理论，并系统地总结了晋以前的神仙方术，包括守一、行气、导引和房中术等； 同时又将神仙方术与儒家的纲常名教相结合，强调“欲求仙者，要当以忠孝和顺仁信为本。若德行不修，而但务方术，皆不得长生也”。并把这种纲常名教与道教的戒律融为一体，要求信徒严格遵守。他说：“览诸道戒，无不云欲求长生者，必欲积善立功，慈心于物，恕己及人，仁逮昆虫，乐人之吉，愍人之苦，赒人之急，救人之穷，手不伤生，口不劝祸，见人之得如己之得，见人之失如己之失，不自贵，不自誉，不嫉妬胜己，不佞谄阴贼，如此乃为有德，受福于天，所作必成，求仙可冀也。”主张神仙养生为内，儒术应世为外。
他在《抱朴子外篇》中，专论人间得失，世事臧否。主张治乱世应用重刑，提倡严刑峻法。匡时佐世，对儒、墨、名、法诸家兼收并蓄，尊君为天。不满于魏、晋清谈，主张文章、德行并重，立言当有助于教化。葛洪在坚信炼制和服食金丹可得长生成仙的思想指导下，长期从事炼丹实验，在其炼丹实践中，积累了丰富的经验，认识了物质的某些特征及其化学反映。
他在《抱朴子内篇》中的《金丹》和《黄白》篇中，系统地总结了晋以前的炼丹成就，具体地介绍了一些炼丹方法，记载了大量的古代丹经和丹法，勾画了中国古代炼丹的历史梗概，也为我们提供了原始实验化学的珍贵资料，对隋唐炼丹术的发展具有重大影响，成为炼丹史上一位承前启后的著名炼丹家。
金城山有99座山峰、36处泉水、48个山洞。金城山又名金粟山、金山、金峰、金子岭，据说藏金粟数万石于广福门内金库中，里面有金马悠悠拉磨，倘若紧贴石壁，拉磨声便会隐约传来。金库童谣：石马(石马寨)对石鼓(打鼓寨)，黄金亿万五。谁能识得破，能买重庆府。进山门100余米处是“小西天”；南京门传说是明末农民领袖张献忠所建。山上有“神仙洞”，据说东晋道学家葛洪曾在此修道，著有《抱扑子》等经书，每逢阳光灿烂之风，便将经书一一摊开，放在洞顶巨石上晒，以求得到真经，故名“晒经石”。
医药学
葛洪精晓医学和药物学，主张道士兼修医术。“古之初为道者，莫不兼修医术，以救近祸焉”，认为修道者如不兼习医术，一旦“病痛及己”，便“无以攻疗”，不仅不能长生成仙，甚至连自己的性命也难保住。
他的医学著作《肘后备急方》，书名的意思是可以常常备在肘后(带在身边)的应急书，是应当随身常备的实用书籍。书中收集了大量救急用的方子，这都是他在行医、游历的过程中收集和筛选出来的，他特地挑选了一些比较容易弄到的药物，即使必须花钱买也很便宜，改变了以前的救急药方不易懂、药物难找、价钱昂贵的弊病。他尤其强调灸法的使用，用浅显易懂的语言，清晰明确的注名了各种灸的使用方法，只要弄清灸的分寸，不懂得针灸的人也能使用。
葛洪很注意研究急病。他所指的急病，大部分是我们现今所说的急性传染病，古时候人们管它叫“天刑”，认为是天降的灾祸，是鬼神作怪。葛洪在书中说：急病不是鬼神引起的，而是中了外界的疠气。我们都知道，急性传染病是微生物 (包括原虫、细菌、立克次氏小体和病毒等)引起的。这些微生物起码要放大几百倍才能见到，1600多年前还没有发明显微镜，当然不知道有细菌这些东西。葛洪能够排除迷信，指出急病是外界的物质因素引起的，这种见解已经很了不起了。
据载，葛洪还撰有《肘后救卒方》和《玉函方》。“余所撰百卷，名曰《玉函方》，皆分别病名，以类相续，不相杂错，其《救卒》三卷，皆单行径易，约而易验，篱陌之间，顾眄皆药，众急之病，无不毕备，家有此方，可不用医。”葛洪在《抱朴子内篇·仙药》 中对许多药用植物的形态特征、生长习性、主要产地、入药部分及治病作用等，均作了详细的记载和说明，对我国后世医药学的发展产生了很大的影响。
化学
他是早期的化学家。葛洪为什么喜欢炼丹呢?在封建社会里，贵族官僚为了永远享受骄奢淫逸的生活，妄想长生不老。有些人就想炼制出“仙丹”来，满足他们的奢欲，于是形成了一种炼丹术。炼丹的人把一些矿物放在密封的鼎里，用火来烧炼。矿物在高温高压下就会发生化学变化，产生出新的物质来。长生不老的仙丹是剥削阶级的幻想，当然是炼不出来的。但是在炼丹的过程中，人们发现了一些物质变化的规律，这就成了现代化学的先声。炼丹术在我国发展得比较早，葛洪也是一个炼丹家。
当时，葛洪炼制出来的药物有密陀僧(氧化铅)、三仙丹(氧化汞)等，这些都是外用药物的原料。
葛洪在炼制水银的过程中，发现了化学反应的可逆性，他指出，对丹砂(硫化汞)加热，可以炼出水银，而水银和硫磺化合，又能变成丹砂。他还指出，用四氧化三铅可以炼得铅，铅也能炼成四氧化三铅。在葛洪的著作中，还记载了雌黄 (三硫化二砷)和雄黄(五硫化二砷)加热后升华，直接成为结晶的现象。
此外，葛洪还提出了不少治疗疾病的简单药物和方剂，其中有些已被证实是特效药。如松节油治疗关节炎，铜青(碳酸铜)治疗皮肤病，雄黄、艾叶可以消毒，密陀僧可以防腐等等。这些记载，对治疗关节炎有一定效果。雄黄中所含的砷，有较强的杀菌作用。艾叶中含有挥发性的芳香油，毒虫很怕它，所以我国民间在五月节前后烧燃艾叶驱虫。铜青能抑制细菌的生长繁殖，所以能治皮肤病。密陀僧有消毒杀菌作用，所以用来做防腐剂。科学与宗教之间时常并非严格对立(聂文涛语)。作为一个道士，葛洪早在1500多年前就发现了这些药物的效用，在医学上做出了很大贡献。
人物评价
葛洪是东晋时期著名的道教领袖，内擅丹道，外习医术，研精道儒，学贯百家，思想渊深，著作弘富。他不仅对道教理论的发展卓有建树，而且学兼内外，于治术、医学、音乐、文学等方面亦多成就。《抱朴子》为其主要著作，他对文章及美学的论述就散布其中，虽然比较零散，但其价值还是不容忽视的。
葛洪的诗文
玄圃遏北台，五城焕嵯峨。启彼无涯津，泛此织女河。
仰止升绛庭，下游月窟阿。顾盻八落外，指招九云遐。
忽已不觉劳，岂悟少与多。抚璈命众女，咏歌发中和。
妙畅自然乐，为此玄云歌。韶尽至韵存，真音辞无邪。
兰若凭高处，风虚阁自凉。
川林输望迥，日月对闲长。
洒落幽人暇，奔驰俗累忙。
何时足生理，卜筑并山阳。
大象虽寥廓，我把天地户。披云沉灵舆，倏忽适下土。
空洞成玄音，至精不容冶。太真嘘中唱，始知风尘苦。
颐神三田中，纳精六阙下。遂乘万龙楯，驰骋眄九野。
岁晏风裂肉，今乃顿和柔。
玄冥在休许，而使威令收。
阴冰澌已泮，礎柱汗交流。
敝扇出故箧，老体捐轻裘。
细人幸煦燠，君子深噍啁。
天地有正气，来往无停辀。
春蚕而冬敖，夏假而秋揫。
此修或云舛，厥证良不瘳。
念昔有名相，死人遗道周。
睠焉不敢忽，顾逮一喘牛。
彼诚知所职，岂伊调燮羞。
嗟予寡所恃，隔绝明与幽。
罪戾不自省，胡为忧人臧。
雨歇留蒸湿，明来得翳凉。
双嬉鱼欲动，万个竹添长。
景到烦诗答，叹多厄日忙。
兹游端胜绝，不是学高阳。
昔日经游处，如今意已荒。
知君曾命驾，为恨失褰裳。
境好因人胜，诗看著脚忙。
会须重定约，暇日共相徉。
洞阴泠泠，风佩清清。仙居永劫，花木长荣。
昔涉玄真道，腾步登太霞。负笈造天关，借问太上家。
忽过紫微垣，真人列如麻。渌景清飙起，云盖映朱葩。
兰宫敞琳阙，碧空起璚沙。丹台结空构，炜炜生光华。
飞凤踶甍峙，烛龙倚委蛇。玉胎来绛芝，九色纷相挐。
挹景练仙骸，万劫方童牙。谁言寿有终，扶桑不为查。
元帝后宫既多，不得常见，乃使画工图形，案图召幸之。诸宫人皆赂画工，多者十万，少者亦不减五万。独王嫱不肯，遂不得见。匈奴入朝，求美人为阏氏。于是上案图，以昭君行。及去，召见，貌为后宫第一，善应付，举止优雅。帝悔之，而名籍已定。帝重信于外国，故不复更人。乃穷案其事，画工皆弃市，籍其家，资皆巨万。画工有杜陵毛延寿，为人形，丑好老少，必得其真；安陵陈敞、新丰刘白、龚宽，并工为牛马飞鸟众势，人形好丑，不逮延寿、下杜阳望亦善画，尤善布色，樊育亦善布色：同日弃市。京师画工于是差稀。
晨登太霞宫，挹此八王兰。夕入玄元阙，采蕊掇琅玕。
濯足匏瓜河，织女立津盘。吐纳挹景云，味之当一餐。
紫微何济济，璚轮复朱丹。朝发汗漫府，暮宿勾陈垣。
去去道不同，且各体所安。二仪设犹存，奚疑亿万椿。
莫与世人说，行尸言此难。